Desde la obtención de su doctorado, los intereses de investigación científica de Javier Vigueras han sido la realidad aumentada, la segmentación de imágenes y los algoritmos de reconstrucción tridimensional, así como los métodos de localización visual y construcción simultánea de mapas. Desde Julio de 2016, es coordinador de la licenciatura en matemática educativa, en la cual participa principalmente en la aplicación de tecnologías computacionales para el aprendizaje. En 2016, también fue coorganizador del simposio internacional de realidad mixta y aumentada (ISMAR, de sus siglas en inglés), el cual es el principal evento en su área de investigación.

Actualmente, trabaja en la investigación de métodos de reconstrucción tridimensional a partir de imágenes estereoscópicas, la simulación de sistemas dinámicos por medio de tecnologías de realidad mixta y aumentada, y la utilización de dispositivos móviles como herramientas de comunicación en el apoyo de la enseñanza de las matemáticas a personas con capacidades diferentes.

Sus principales contribuciones han sido:

• El estudio de los errores visuales que se generan en la composición de imágenes debido a errores de calibración de las cámaras empleadas, por el cual obtuvo el premio al mejor artículo por un estudiante en el ISMAR 2005.
• La reconstrucción automática simultánea de estructura y movimiento a partir de dos imágenes de una escena poliédrica, trabajo en el que se propone un método simple basado en la inter-dependencia de homografías planas y las rectas de intersección de los planos observados, por el cual se obtuvo el segundo lugar en el congreso mexicano de inteligencia artificial en 2009.

1. Nuevas tecnologías aplicadas a la educación
2. Realidad aumentada
3. Visión estereoscópica

1. Análisis y Procesamiento de Señales Médicas
2. Procesamiento de Imágenes y Visión Computacional.